Vor mehr als 20 Jahren wurden gentechnisch veränderte Organismen (GVO) in die Nahrungskette eingeführt. Heutzutage erfolgt die Herstellung gentechnisch veränderter Lebensmittel hauptsächlich auf Pflanzen und Mikroorganismen, die an den entsprechenden Prozessen beteiligt sind.

Der Anbau, die Verwendung und die Kennzeichnung von GVO sind in den meisten Ländern reguliert. Allerdings sind diese Regelungen nicht allgemein einheitlich. Beispielsweise gibt es in den USA eine optionale GVO-Kennzeichnung für Lebensmittelprodukte, während in der Europäischen Union (EU) sehr strenge Vorschriften gelten, darunter ein obligatorisches Kennzeichnungssystem für die Zulassung, den Anbau und die Verwendung von GVO-Produkten.

Um geeignete Analysemethoden zu etablieren, ist es wichtig zu wissen, was natürliche und gentechnisch veränderte Varianten einer Art unterscheidet.

Bei den meisten relevanten gentechnisch veränderten Pflanzen auf dem Markt handelt es sich um transgene Organismen, da sie künstlich eingeführtes genetisches Material tragen, das in natürlichen Genpools nicht vorkommt. Ein Konstrukt des/der interessierenden Gens/Gene wird mit einem Promotor und Terminator kombiniert, um das interessierende genetische Material einzufügen und zu aktivieren. 

Manchmal werden auch Markersequenzen entworfen und in Pflanzenzellen umgewandelt. Nach der Einführung werden sie funktionell stabilisiert und in das Pflanzengenom integriert. Der Ort oder spezifische Ort der Integration im Genom ist relativ zufällig. Funktionelle Klone müssen ausgewählt und charakterisiert werden, bevor sie als Saatgutprodukte für die Landwirtschaft auf den Markt gebracht werden.

Wenn die Akzeptanz von GVO durch die Verbraucher gering ist (z. B. in Europa), legen die Regulierungsbehörden weniger Wert auf verschiedene Arten von GVO-Produkten. Daher prüft der grundlegende analytische Ansatz das Gesamtvorkommen von GVO in einer Probe (auch als GMO-Screening bekannt). 

Als nächstes kann es wichtig sein zu wissen, welches GVO-Ereignis in einer Probe gefunden wurde (Identifizierung), da dies rechtliche Auswirkungen hat. In manchen Fällen ist es sogar notwendig, die relative Menge an GVO in der Probe zu bestimmen (auch Quantifizierung genannt).

Die Kombination des Pflanzen- oder Wirtsgenoms und des integrierten Konstrukts ermöglicht unterschiedliche Spezifitätsniveaus, die für den Nachweis auf die folgenden drei Arten genutzt werden können:

• Elementspezifisch: Es können einzelne Komponenten des Konstrukts verwendet werden, beispielsweise gemeinsame Promotor- oder Terminatorsequenzen. Sie können in verschiedenen Strukturen vorkommen, aber auch in ihren natürlichen Wirten (z. B. Pflanzenviren) auftreten.
• Build-spezifisch: Kreuzungen zwischen genetischen Elementen des Konstrukts, beispielsweise die Kombination eines definierten Promotors und einer Gensequenz, eignen sich zum Nachweis unterschiedlicher Konstrukte. Die Konstrukte können jedoch in verschiedenen GVO-Ereignissen verwendet werden.
• Veranstaltungsspezifisch: Die Konstruktion des Pflanzengenoms am Integrationsort ist einzigartig für ein GVO-Ereignis und kann zu Identifizierungszwecken verwendet werden.

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